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科技創(chuàng)新工程采用績效管理方式對研究所和科研團(tuán)隊(duì)進(jìn)行管理與考評。

采取分級考評，農(nóng)業(yè)農(nóng)村部、財(cái)政部考評農(nóng)科院、農(nóng)科院考評研究所、研究所考評科研團(tuán)隊(duì)。采取分期考評，年度監(jiān)測，三年中期評估，五年期滿考評。采取分類考評，院對研究所考評按照作物園藝類、畜牧獸醫(yī)類、其他專業(yè)類分組進(jìn)行。

院與研究所、研究所與科研團(tuán)隊(duì)簽訂任務(wù)書，從體制機(jī)制創(chuàng)新、科技創(chuàng)新、成果轉(zhuǎn)化與貢獻(xiàn)、人才團(tuán)隊(duì)建設(shè)、科研條件建設(shè)、國際合作與交流、資金使用與管理等方面明確任務(wù)目標(biāo)，進(jìn)行全面綜合評價(jià)，避免“四唯”。

考評結(jié)果與目標(biāo)校正、動態(tài)管理、績效預(yù)算等直接掛鉤，提高財(cái)政資金使用效率。考評結(jié)果為“較差”的研究所，將被核減科技創(chuàng)新工程經(jīng)費(fèi)，考評結(jié)果為“較差”的科研團(tuán)隊(duì)，將退出科技創(chuàng)新工程或被核減科技創(chuàng)新工程經(jīng)費(fèi)。