博士學(xué)位證書（內(nèi)芯）邊框為淡粉色，碩士學(xué)位證書（內(nèi)芯）邊框為淡藍色，邊框樣式與原國家印制的學(xué)位證書邊框保持一致；證書（內(nèi)芯）均帶有中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院Logo為水印的防偽標志。
證書封皮上部為“中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院”郭沫若體，中部為中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院Logo，下部標注博士、碩士學(xué)位證書字樣；內(nèi)封為中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院研究生院院訓(xùn)“明德格物，博學(xué)篤行”；博士學(xué)位證書封皮顏色為深紅色，碩士學(xué)位證書封皮顏色為深綠色。
2015年，國務(wù)院學(xué)位委員會、教育部印發(fā)《學(xué)位證書和學(xué)位授予信息管理辦法》，決定從2016年1月1日起，學(xué)位證書由各學(xué)位授予單位自行設(shè)計印制，國務(wù)院學(xué)位委員會辦公室印制的學(xué)位證書不再使用，各學(xué)位授予單位自主設(shè)計的學(xué)位證書不得使用國徽圖案。
根據(jù)文件精神，在符合國家有關(guān)規(guī)定的基礎(chǔ)上，證書設(shè)計力求體現(xiàn)中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院元素，并同步設(shè)計了英文副本，整體風(fēng)格和主要元素與中文正本保持一致，面向全院研究生和各培養(yǎng)單位征求了意見，經(jīng)第八屆學(xué)位評定委員會第六次會議審議，最終確定了學(xué)位證書的版式。
為配合新版學(xué)位證書的使用，中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院研究生院對畢業(yè)證書的樣式也進行了相應(yīng)的調(diào)整。
