近日,中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院煙草研究所煙草種質(zhì)資源與生物育種創(chuàng)新團(tuán)隊(duì)為群體水平組學(xué)數(shù)據(jù)分析和可視化提供了“零代碼一站式”解決方案,極大地促進(jìn)了作物育種中多維組學(xué)大數(shù)據(jù)的高效挖掘和利用。相關(guān)研究成果發(fā)表在《植物通訊(Plant Communications)》上。
為降低多組學(xué)數(shù)據(jù)關(guān)聯(lián)分析涉及的軟件安裝、數(shù)據(jù)清洗、質(zhì)控、格式轉(zhuǎn)換、參數(shù)調(diào)整等技術(shù)門(mén)檻,該科研團(tuán)隊(duì)開(kāi)發(fā)了EasyOmics一站式分析軟件,將傳統(tǒng)需要數(shù)月學(xué)習(xí)的命令行操作轉(zhuǎn)化為直觀的圖形界面。軟件搭載八大核心模塊,包含數(shù)據(jù)質(zhì)控、遺傳力評(píng)估到GWAS分析、組學(xué)數(shù)據(jù)關(guān)聯(lián)分析、孟德?tīng)栯S機(jī)化、數(shù)據(jù)展示等工具,完整覆蓋組學(xué)研究全流程。內(nèi)嵌智能參數(shù)推薦系統(tǒng),即使缺乏統(tǒng)計(jì)學(xué)背景的用戶,也能通過(guò)引導(dǎo)式操作完成復(fù)雜分析。研究者僅需點(diǎn)擊鼠標(biāo)即可完成轉(zhuǎn)錄組與蛋白質(zhì)組等數(shù)據(jù)的關(guān)聯(lián)分析,自動(dòng)生成可直接投稿的矢量圖。該軟件支持Windows、macOS和Linux系統(tǒng)秒級(jí)部署。用戶無(wú)需配置復(fù)雜環(huán)境,通過(guò)預(yù)裝鏡像即可實(shí)現(xiàn)“下載即用”,較傳統(tǒng)方法節(jié)省大量的時(shí)間。
該研究得到國(guó)家自然科學(xué)基金等項(xiàng)目的支持。(通訊員 李曉娟)
原文鏈接:https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2590346225000550