近日，中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院深圳農(nóng)業(yè)基因組研究所農(nóng)業(yè)宏基因組學(xué)創(chuàng)新團(tuán)隊(duì)聯(lián)合國(guó)內(nèi)科研單位開創(chuàng)性地提出了一種快速且全局最優(yōu)的轉(zhuǎn)錄組定量解決方案TQSLE。該方法可準(zhǔn)確定量序列高度相似的轉(zhuǎn)錄本的表達(dá)水平。相關(guān)研究成果發(fā)表在《生物信息學(xué)簡(jiǎn)報(bào)（Briefings in Bioinformatics）》上。
由于存在著序列極其相似的不同參考轉(zhuǎn)錄本，一部分轉(zhuǎn)錄組測(cè)序讀段存在映射不確定性，從而無(wú)法通過(guò)映射讀段的計(jì)數(shù)來(lái)估計(jì)轉(zhuǎn)錄本表達(dá)量。為解決這一問(wèn)題，研究人員開發(fā)了一種非基于最大期望算法且非序列比對(duì)的方法TQSLE，為估計(jì)轉(zhuǎn)錄本和基因表達(dá)定量提供了一個(gè)全局最優(yōu)的解決方案。在模擬及真實(shí)的轉(zhuǎn)錄組測(cè)序數(shù)據(jù)集上進(jìn)行了一系列測(cè)試，結(jié)果表明，該技術(shù)相比基于最大期望算法的非序列比對(duì)的轉(zhuǎn)錄組定量方法更為準(zhǔn)確。
該研究得到深圳市基礎(chǔ)研究專項(xiàng)、國(guó)家自然科學(xué)基金等項(xiàng)目的資助。（通訊員 馬昕怡）
原文鏈接：https://doi.org/10.1093/bib/bbad298
