堿基編輯技術(shù)是一種新興的基因編輯技術(shù)，用于對DNA分子中特定位置進(jìn)行單個堿基的修改，主要包括腺嘌呤堿基編輯器與胞嘧啶堿基編輯器等。然而，在評估堿基編輯器的編輯效果時，以前主要通過實驗，既耗時又耗力，且準(zhǔn)確度有限，限制了堿基編輯器的進(jìn)一步廣泛應(yīng)用。
中國農(nóng)科院3月20日發(fā)布消息稱，該院深圳農(nóng)業(yè)基因組研究所（嶺南現(xiàn)代農(nóng)業(yè)科學(xué)與技術(shù)廣東省實驗室深圳分中心）動物表觀基因組學(xué)創(chuàng)新團(tuán)隊近日研發(fā)的一種預(yù)測堿基編輯效果的新模型，大幅提升了預(yù)測堿基編輯器在基因組內(nèi)源靶位點編輯效果的準(zhǔn)確性。相關(guān)研究成果發(fā)表在《細(xì)胞發(fā)現(xiàn)（Cell Discovery）》上。
據(jù)了解，為找到提高預(yù)測準(zhǔn)確度的限制因素，科研人員系統(tǒng)比較了堿基編輯器在外源整合靶位點和基因組內(nèi)源靶位點的編輯效果。研究發(fā)現(xiàn)，堿基編輯器在內(nèi)源靶位點的編輯效果受DNA甲基化、組蛋白修飾等表觀因素的影響。
為此，科研人員在整合引導(dǎo)RNA序列特征和靶位點表觀因素的基礎(chǔ)上，開發(fā)了一種預(yù)測堿基編輯效果的新模型BE_Endo，該模型可準(zhǔn)確預(yù)測腺嘌呤堿基編輯器和胞嘧啶堿基編輯器在基因組內(nèi)源靶位點的編輯效果。
同時，該模型還納入了基因組表觀遺傳學(xué)信息對編輯效果的影響，在評估堿基編輯器在內(nèi)源靶位點編輯效果方面更準(zhǔn)確和高效，對推動基因編輯工具的應(yīng)用具有重要意義。
